Tendo em vista a catástrofe ocorrida na baía de Guanabara com o derramamento de óleo da refinaria de Duque de Caxias no Rio de Janeiro, Sarney Filho anuncia, no CONAMA, a criação de um grupo de trabalho para a realização de levantamento da situação do setor petrolífero em todo o País. Disse ele a respeito que "Será uma blitz nas refinarias para saber o que elas têm feito, o que pretendem fazer, se as causas do acidente podem se repetir, e tomar todas as medidas preventivas para que não aconteçam mais acidentes como o da baía de Guanabara.  Vamos trabalhar para evitar novos desastres".
O ministro aplicou à Petrobrás a maior multa estabelecida na Lei de Crimes Ambientais, ou seja, R$ 51.050.000. A seu ver, " as empresas estatais têm uma responsabilidade acrescida em relação aos cuidados com o meio ambiente e com a população das áreas em que estão instaladas".

_ O derramamento de óleo na baía de Guanabara e o valor significativo da multa aplicada à Petrobrás, segundo Sarney Filho, não desobrigava a empresa a recuperar a baía de Guanabara. A propósito, o Ministro determinou que os recursos da multa fossem aplicados em programas de descontaminação da baía, envolvendo os municípios da região.

_ Foi aprovado o projeto de lei 1617/99 que institui a Agência Nacional de Águas -ANA. Criada como uma autarquia sob regime especial, vinculada ao Ministério do Meio Ambiente, a agência vai implementar a política nacional de recursos hídricos e coordenar o desenvolvimento do sistema nacional de gerenciamento de águas.
A lei é sancionada no segundo semestre e, na ocasião, o Ministro Sarney Filho observa que a criação da ANA deverá trazer mais segurança aos empreendimentos que utilizam a água, garantindo padrão mínimo de qualidade, como insumo ao processo produtivo, e regras estáveis quanto à utilização dos rios. A expectativa é de que a agência conceda prioridade a dois dos mais relevantes desafios brasileiros, a saber, o combate às secas prolongadas, especialmente no Nordeste, e a contaminação dos rios.

_ Sarney Filho lança a "Campanha Amazônia fique legal 2000", que terá três fases, a primeira, cujo foco principal é o estado de Rondônia. Na segunda etapa as iniciativas abrangem toda a Amazônia, com ênfase no combate ao desmatamento, e na terceira etapa, a partir de maio, quando têm início as queimadas, será intensificado o combate aos incêndios em toda a região. Tal como em 1999, o MMA/Ibama contará com apoio das forças armadas . Ao final de 1999, a campanha tinha tido um saldo de 3199 autos de infração lavrados, o que representa 27,25 milhões de reais de multas aplicadas.

_ Sarney Filho gestiona na Presidência da República, com êxito, a criação do Plano de Carreira de especialistas em meio ambiente para os servidores do Ibama. Trata-se da abertura de concurso público para 1200 novas vagas no Ibama, e a transformação de 1300 cargos de nível médio em nível superior. Nunca houve concurso público federal para a área de meio ambiente, e os funcionários do Ibama foram originários das extintas instituições como a SEMA, o IBDF, SUDEPE e SUDHEVEA .

_ O Ministro Sarney Filho programa investimentos no Parque Nacional Marinho de Abrolhos, a fim de consolidar mais esta importante área protegida. Seu objetivo é melhor conservar o parque para que o mesmo siga cumprindo com os objetivos de sua criação, dentre os quais , a manutenção do ecossistema da Mata Atlântica, proteção da biodiversidade e a visitação pública.

_ Sarney filho anuncia o lançamento do "Programa de ação ambiental conjunta da Costa do Descobrimento", com investimentos previstos da ordem de 16 milhões de reais. A área objeto desse programa abrange doze municípios da Bahia e 4 do Espírito Santo. As ações envolverão a educação ambiental , os recursos hídricos, gestão urbana, conservação da fauna e flora silvestres, controle e fiscalização de áreas protegidas e recuperação de manguezais. Ênfase será dada ao melhoramento da infra-estrutura de disposição de resíduos sólidos, para que se disponha de uma destinação final adequada de lixo.

_ O Ministro Sarney Filho anuncia que os índices de desmatamento na Amazônia, em 1999, diminuíram 3% em relação ao ano de 98, com base em dados do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais -INPE. Os focos de calor naquela região também diminuíram em 20,2% no mesmo período. Ao comentar a matéria, Sarney Filho afirmou que "Temos muito o que fazer ainda, mas estamos satisfeitos porque, com as políticas que adotamos, como a campanha " Amazônia fique legal " que intensificou a fiscalização, conseguimos deter o aumento do desmatamento".

_ Sarney filho apresenta à Unesco, através da Comissão Brasileira do Programa "O homem e a  Biosfera", duas áreas nos estados de Goiás, Mato Grosso e Mato Grosso do Sul, com vistas à criação das Reservas da Biosfera do Cerrado -fase II- e da Reserva da Biosfera do Pantanal. Com essa iniciativa busca-se aumentar a proteção da biodiversidade e fomentar o desenvolvimento sustentável na região . No caso da primeira, as áreas-núcleo estão integradas por sítios de grande importância para a região, a saber: Parque Nacional da Chapada dos Veadeiros, Parque Estadual de Terra Ronca, e o Parque Municipal de Itiquira. No caso do Pantanal, deverá ser dada um fase ao turismo da natureza e ao turismo de pesca, que têm  baixo impacto sobre os estoques de recursos naturais. Esses dois sítios oficializados pela Unesco no segundo semestre.

_ Sarney Filho fez entrega ao Congresso Nacional da proposta de reforma do Código Florestal aprovada pelo CONAMA. O documento original, defendido pelo Ministro, e apoiado por inúmeras organizações não-governamentais, estabelece em 80% o percentual de reserva legal a ser preservado nas propriedades situadas em áreas de floresta na Amazônia legal, e em 35% para as regiões de cerrados na Amazônia. Segundo Sarney Filho, a " atualização do Código Florestal tornou-se necessária em decorrência dos desmatamentos de grandes áreas de florestas nativas e da ocupação desordenada de terras com vocação florestal consagrada. Outro aspecto relevante é promover a adequação do Código aos princípios do desenvolvimento sustentável, aplicando-os aas peculiaridades das formações florestais brasileiras".
As discussões sobre a matéria entram pelo ano de 2001, com a bancada ruralista exercendo forte pressão para a redução dos percentuais defendidos pelo Ministro. A defesa de Sarney Filho dos alcances da reforma do Código Florestal mereceu o reconhecimento de grande parte da sociedade civil, e sobretudo, das organizações não-governamentais.
Estas últimas, em agosto de 2001, divulgaram documento apoiando e elogiando a firmeza do Ministro. É a seguinte a sua integra: "As organizações... agradecem o vosso empenho em defender o Código Florestal brasileiro, e repudiam as manifestações desrespeitosas de parlamentares descompromissados com o desenvolvimento sustentável do País, ocorridas durante audiência pública na Câmara dos Deputados. A defesa dos interesses coletivos e difusos é uma missão árdua, e muitas vezes inglória, porém, a dedicação a ela dignifica o homem público. Certos de vosso compromisso com a integridade das florestas brasileiras, manifestamos nossa solidariedade e reconhecimento".

_ Sarney Filho lança o "Programa cisternas rurais", com o objetivo de construir um milhão de cisternas no semi-árido nordestino. Num período de cinco anos, o programa deverá beneficiar 6 milhões de pessoas, e estão previstos investimentos de 500 milhões de reais para a execução de obras e a realização de cursos para as comunidades nas áreas de gestão de recursos hídricos, educação ambiental, capacitação de pedreiros, e uma campanha educativa, com o objetivo de introduzir novos valores em relação ao manejo e uso dos recursos hídricos disponíveis. A cisterna rural constitui alternativa simples e eficaz de armazenamento de água potável, pela recuperação de águas das chuvas, captadas a partir dos telhados das casas. A técnica, de baixo custo, tem a vantagem de permitir o armazenamento da água em seu local de uso, reduzindo perdas por transporte e contaminação por manejo inadequado.